黑木耳菌种的遗传稳定性是相对的，遗传的变异性是绝对的。菌种发生某些性状向坏的方向变异，称为菌种“退化”。菌种“退化”有遗传造成的原因，有环境造成的原因。常见的黑木耳菌种“退化”现象如菌盖变小，菌肉变薄，菌柄变长，出菇期推迟，出菇潮数少，抗逆性差等。但黑木耳菌种“退化”的机理总体尚不清楚。
根据黑木耳菌种保藏的经验教训，本人认为防止“退化”并无妙手回春的好办法，只有在菌种保藏和使用过程中多加小心。
（1）保藏黑木耳菌种的条件要稳定，干净。菌种保藏的专用设备不可将保藏条件悬殊过大的种类一起保藏，如黑木耳与草菇、茯苓等不可在同一条件的容器内保存；容器内必须干净，温度必须稳定，不随便开启，尽量少打开保藏菌种容器。
（2）变更培养基保藏，如PDA与木屑培养基同时使用，繁殖时同时比较，选择使用。
（3）每年进行一次实验室常规性状测试比较，变异较大的菌株停止使用，更换培养基后可恢复性状的可继续使用。
（4）有条件的应成批放入液氮罐保存，每年取出一支或数支试管进行繁殖，恢复繁殖时按常规进行必要性能测试。
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