生物种类的多样性是指一定区域内生物钟类（包括动物、植物、微生物）的丰富性，如人类已鉴定出的物种，大约有170多万个，我国已知鸟类就有1244种之多，被子植物有3000种，即物种水平的生物多样性及其变化．
生态系统的多样性是指生物群落及其生态环境的多样性，以及生态系统的环境差异、生态过程变化的多样性等．如森林生态系统、草原生态系统、河流生态系统、高原生态系统、城市生态系统等．
基因的多样性是指物种的种内个体或种群间的基因变化，不同物种（兔和小麦）之间基因组成差别很大，生物的性状是由基因决定的，生物的性状千差万别，表明组成生物的基因也成千上万，同种生物如兔之间（有白的、黑的、灰的等）基因也有差别，每个物种都是一个独特的基因库．基因的多样性决定了生物种类的多样性．
因此，生物多样性实质上是指基因（遗传）的多样性．
故选：B．
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